这次新型冠状病毒如何被辨认出的？mNGS首功！

最原先另行型冠状狂犬病是如何被发掘出的？宇原核生可作体化学合成（mNGS）首当其功！当年SARS，怀疑过芽孢、细霉菌、狂犬病等狂犬病，先前无可奈何了很三木下才发掘出是冠状狂犬病狂犬病。现今mNGS换用，改变了病原生可作体学的病患另行格局！这次从发病到病患，只有稍短稍短几天时间段！下面就恰当介绍一下mNGS.

已经有三十年，第三组学研究一直是热点，最早是原核生可作体学，然后是生可作体科学，现今另行兴第三组学领域则是被认为最有前途的宇原核生可作体学（Metagenomics）。宇原核生可作体学（Metagenomics）又叫生可作体生存环境原核生可作体学、元原核生可作体学，通过并不无需从生存环境探针中所浓缩正因如此部生可作体的DNA或RNA，构建宇原核生可作体文库，能用原核生可作体学的研究策略研究生存环境探针所包含的正因如此部生可作体的性状第三组合而成、群落功用，并可开发原先生理活持续性可作质（或得到另行DNA）。

2014年另行英格兰医学杂志报导了一个通过宇原核生可作体来进行检查治愈了一位缘故相符、反复发热、具有哮喘及脑积水症状的14岁小**的系统持续性，这是历史上首个宇原核生可作体病患分析法则成功的系统持续性。书评报导这个正因如此化疗及病原筛查都不了有确诊缘故，随后对胎盘体抽样mNGS筛查，结合生可作体资讯学研究结果发掘出一种可疑的致病霉菌leptospira infection，随后计划持续性地采用氯霉素和嗪夺标肟化疗后出院。该工作团队确认这是一种尚未报导过的病原生可作体。由此，病患宇原核生可作体年底应分析法则于生可作体病患达到高潮了镜子。参考见：NEJM：小型化化学合成电子技术挽救危重病小**

随着DNA化学合成电子技术的迅猛发展，基于二代化学合成的宇原核生可作体学（宇原核生可作体化学合成）成了病患的焦点。宇原核生可作体化学合成（mNGS）是综合研究来自高血压抽样的生可作体和消化道的DNA可作质（DNA和RNA）的法则，应分析法则于多种狂犬病持续性结核病的病患、结核病和健康状态下生可作体学研究、生命体消化道反应对狂犬病传播的外观上化、鉴别都是狂犬病。宇原核生可作体化学合成（mNGS）描述了抽样中所不存在的所有DNA或RNA资讯，从而并不无需要研究整个生可作体第三组以及高血压抽样中所的生命体消化道原核生可作体或转录第三组，让致病生可作体无所遁形。

在病患狂犬病持续性致病揭示的过程中所，病患心理医生时常但会无能为力另行发致病一般而言岂料、疑难狂犬病致病竟、或者由于检查电子技术依赖于想到不了检查到的困境，原先的病患来进行病患作法与病患的迫切无市场需求之间还不存在着前所未见的鸿沟。而mNGS (宇原核生可作体学二代化学合成电子技术) 在“理论上”并不无需要讲出病患心理医生的上述不足之处，这两项已应对病患狂犬病持续性结核病医治的大部分困难。

mNGS作为一种不无需养成的另行型电子技术，可以深入慢速核对狂犬病致病，相比较传统养成法则仅有更低诱因的同时又与“得心应手外科”的以人为本相截然有所不同。Gyarmati 等在2016年发表的一篇手抄本中所提到，mNGS可以并不无需从体内抽样中所核对不能养成的、苛养的以及非细霉菌 (狂犬病和真霉菌) 致病。除此之外，mNGS可以分析法则于病原预防，具有并不无需从病患抽样中所获的致病传播案发现场的潜力。2014年，Hasman等提到mNGS可分析法则于尿液体抽样中所致病以及脑膜炎DNA的检查，而且不仅脑膜炎DNA的检查结果与药敏科学实验原则上，也与基于纯养成可作的正因如此原核生可作体化学合成 (S) 的进化研究结果相匹配。越来越多的系统持续性以及病患研究提到mNGS分析法则于病患病患的可行持续性以及诸多绝对优势，使得mNGS成完美致病病患法则的“受欢迎当选者”。

mNGS有哪些商业用途呢？

下面这张图很好地概括和说明了。二代化学合成不仅可以分析法则于病原学检查，也可以在病原养成后做浅层的二代化学合成，甚至正因如此原核生可作体研究。现在主要分析法则于病患的还是病患遗骸病原学检查，通过检查可以想到遗骸中所含的致病。如果化学合成无市场需求量并不无需要必要持续性跃升，它除了可以把遗骸中所里所有生可作体的小分子测量仪器出来外，也可以把人体传达的所有RNA测量仪器出来，帮助；也定定植或者狂犬病。比如圣诞树；也单胞霉菌测量仪器出来后，人体有不了有针对它转化成炎症反应，还可以；也定是定植还是狂犬病，但现在还在探求阶段，尚正因如此未分析法则于病患。

对于混狂犬病，mNGS也有天然的绝对优势

对于混狂犬病的病患，与传统法则相比较，NGS具有更低的诱因。

然而，在重回光明坦途，为病患获取“一站式”应对方案之前，mNGS仍有一段开阔小路无需艰苦走回。首先，无能为力体内、肿液体、胎盘体、第三其组织、拭子等纷纷杂杂的遗骸特持续性，如何建立确立的小分子浓缩新标准使得致病的检查效能最大限度有条不紊。消化道小分子也是干扰致病检查的一大缘故，在小分子浓缩环节，怎么样显然有效转化成消化道小分子，富含致病小分子，进而减少mNGS的精确度也是伤痛之一。

在化学合成环节，如何依据重视的致病特持续性选择适当的化学合成策略？如何折衷化学合成浅层、交付给时间段以及所无需经济体制价格等诸多缘故？这些应对办法依然是这两项所致的前所未见的终究。

另外，在科学实验环节加入质控抽样不可或缺。完美的质控应适分析法则于有所不同狂犬病症候群以及相关联的各种抽样特持续性，涵盖中所持续性质控、比如说质控以及加入病原霉菌或纯DNA的人工模拟质控抽样。然而，mNGS正因如此面覆盖的程序语言特持续性为选取何种病原霉菌作为中所持续性质控提低了可玩性，病患实证中所又该如何获取经过审批的大批无市场需求量比如说对照抽样也是应对办法之一。

在生可作体资讯各个方面，近些年有研究检验了有所不同的生信研究法则的优劣。原先的法则不仅插值不存在相似之处，而且所用的数据源也各有有所不同，所致在致病核对能力以及相对总质量数值各个方面浮现不同之处。在mNGS生信研究流程缺乏确立新标准的意味著，采用者基于个人经验、可及持续性以及简便持续性制做生信研究软体，但会对科学实验比方说以及结果可靠持续性导致影响，成mNGS的病患新标准化障碍。

因此，该研究重点重视小分子浓缩和生可作体资讯研究两个正因如此，对比检验三个人源消化道转化成氢化盒 (Ultra-Deep Microbiome Prep 、QIAamp DNA Microbiome Kit、Micro-DXTM) 以及多种原先商用或非商用生可作体资讯可作件的优劣。

研究者采集9个体液体 (膀胱液体、脓液体、手部液体、肿液体) 抽样和1个骨第三其组织遗骸进行化学合成，此后分别采用有所不同的生可作体资讯软体比如基于Unix系统 (Kraken、Metaphlan2和MIDAS)、基于网页版的商用或非商用 (BaseSpace、Taxonomer和CosmosID) 研究软体与商用工作站 (CLC genomics Workbench)。他们发掘出有所不同抽样的PA数据无市场需求量及人源序列占比相似之处较大 (3.5%-98.9%)，其中所人源占比与抽样特持续性都是，与每个抽样自身的特持续性以及去消化道氢化盒的效率有关。

本书评牵涉到的mNGS生信研究软体

以养成或MALDI-TOF为金新标准，研究者检验数值了每种研究软体的致病核对个数以及其相关联的中所持续性、；也中所持续性、诱因等参数。在病患实证中所，另行电子技术无需同时合乎具有低诱因和低中所持续性预测量仪器值 (PPV)。采用Kraken和Taxonomer这两个流行的软体可以看到其检查到数十到数百种生可作体，数值得到的PPV极低。虽然增设反之亦然过滤对应对这一应对办法更为重要，但反之亦然究竟增设为多少仍不存在意见分歧。另外，软体无需综合采用多个参数，如相对总质量、原核生可作体大小、原核生可作体覆盖率等来进行病原霉菌的核对。

研究者也在比如说质控抽样中所检测量仪器1%的人铜色杆霉菌，他们研究铜色杆霉菌的检测量仪器也许是生存环境或抽样间的空气污染、化学合成氢化引入或生可作体资讯研究的杂乱DNA序列等缘故所致。背景霉菌的应对办法也在多个研究中所被提及，这些检测量仪器的致病在抽样中所是否是真实不存在？空气污染、定植还是致病如何区分？电子技术开发执法人员，生可作体资讯执法人员、生可作体专家以及病患心理医生也所致着慢慢升级的终究。概述说来，现在mNGS的病患分析法则所致如下四个终究：

无能为力如上的终究，我们也遇到了一系列的不足之处。编者本期整理了两个关于mNGS病患专家常但会问起的应对办法，从这两项电子技术发展的角度驶往，给出如下的尝试持续性可否。

为什么有些抽样养成中所持续性了、小分子检查中所持续性了、mNGS不了有检测量仪器来？这个电子技术确实不行？

任何病患检查都要考虑健康经济体制价格，这也是另行电子技术mNGS的考无市场需求量缘故之一，使得现在mNGS经济体制价格与精确度之间无需折衷。病患抽样具有相当低的复杂持续性，而且很多致病狂犬病后含无市场需求量很低或病患后取样所致病原数无市场需求量降低，在附送数据无市场需求量的意味著，靶病原由于资讯极少而被出错。

由于这些终究随之而来的检查局限，一般而言就但会必要持续性病患心理医生形成认识局限，所以我们想到病患心理医生对mNGS功用的不认可的声音。虽然扩大数据无市场需求量是手段之一，但在健康经济体制价格的附送下总有限度。通过富含病原霉菌，加大化学合成数据无市场需求量，进而减少精确度；检查宽片段，进而减少特异持续性是我们与病患现在以及未来共同努力的方向。

病患心理医生平常反馈mNGS检查结果是一个致病列表，究竟哪个或哪几个病原才是主因？

多个病原的检测量仪器主要如下两个各个方面缘故：

mNGS电子技术插值不存在稍短序列杂乱DNA序列，尤其针对大部分同源持续性较低的可作种，因此其在这类同源持续性较低的可作种中所分类普遍性就打了商家。如何应对一个稍短序列同时非常到多种致病应对办法呢？现在我们的开发执法人员正试图慢速的开发外观上DNA数据源，多个数据源的开业将但会有所提低病原霉菌的正确地DNA序列能力。

多病原共狂犬病、 原发狂犬病与继发狂犬病的多病原狂犬病或呼吸道皮肤上，肠道皮肤上停止使用体系本身的生可作体多样持续性等缘故将但会所致多种致病检测量仪器。这无论如何不是电子技术本身局限，而是病患医学应对办法。养成法则、光谱学法则、多重PCR法则也但会检测量仪器多个致病，最终的病患结论无需有病患病患的都是资讯介入、也无需病患狂犬病心理医生的共同参与，不能仅靠检查应对一切应对办法。在充分重整报告的意味著，多致病列表展示的绝对优势起着在于一各个方面获取也许的有效案发现场，另一各个方面当有正确地明了的病患资讯时可以来进行病患病患。

对于mNGS来说，可以说为病原学病患又敞开了一扇原先窗户，我们一定要大胆的实证，要认识它的绝对优势和缺点，但是获得结果时要小心深究，掌握另行基础性。

独有应是：

Couto, N., Schuele, L., Raangs, E. C., Machado, M. P., Mendes, C. I., Jesus, T. F., ... & Autenrieth, I. B. (2018). Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens. Scientific reports, 8(1), 13767.

Gyarmati, P. et al. Metagenomic ysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced

neutropenia. Sci. Rep. 6, 23532 (2016).

Hasman, H. et al. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical